食品工業潔凈用房應按生物潔凈室原則建設，有無菌要求但不能夠實行最終滅菌的工藝和雖能實行最終滅菌，但滅菌后有無菌操作的工藝，應在潔凈生產區內進行。
有良好衛生生產環境要求的潔凈生產區，應包括易腐性食品、即食半成品或成品的最后冷卻或包裝前的存放、前處理場所，不能最終滅菌的原料前處理、產品灌封、成型場所，產品最終滅菌后的暴露環境，內包裝材料準備室和內包裝室，以及為食品生產、改進食品特性或保存性的加工處理場所和檢驗室等。
原料前處理（如切割、磨碎、烹調、提取、濃縮和稀配等）不得與成品生產使用同一潔凈區域。
檢驗室宜獨立設置，對其排氣和排水應有妥善處理措施。對樣本的檢驗過程有空氣潔凈要求時，應設潔凈工作臺。
食品工業潔凈用房應根據食品生產對除菌除塵和無菌生產要求的高低分級。
潔凈用房應明確其中生產的關鍵控制點、關鍵區域和背景區域，分別定級。盡可能縮小別區域的面積。
食品工業潔凈用房宜分為以下4個等級：
I 級 高污染風險的潔凈操作區。高污染風險是指進行風險評估時確認在不能最終滅菌條件下，食品容易長菌、配制灌裝速度慢、灌裝用容器為廣口瓶、容器須暴露數秒后方可密閉等狀況。
Ⅱ級 I 級區所處的背景環境，或污染風險僅次于I 級的涉及非最終滅菌食品的潔凈操作區。
Ⅲ級 生產過程中重要程度較次的潔凈操作區。
Ⅳ級 屬于前置工序的一般清潔要求的區域。
食品工業潔凈用房的溫度和濕度，應符合下列規定。
1 生產工藝對溫度和濕度有特殊要求時，應根據工藝要求確定，參見附錄B。
2 生產工藝對溫度和濕度無特殊要求時，I 級、Ⅱ級潔凈用房溫度應為20～25℃，相對濕度應為30％～65％；Ⅲ級潔凈用房溫度應為18～26℃，相對濕度應為30％～70％。
