近年來，百香果的價格一路飆升，種植效益可觀，種植面積也在不斷擴大，廣西不少地區已經將百香果種植列為精準扶貧項目。但是由于管理不到位，病毒病、莖基腐、根腐病、疫病等發生嚴重，不僅影響百香果的外觀，還會導致減產，甚至死亡。據介紹，莖基腐病在百香果中危害尤為嚴重，第一年小苗比較容易感染，第二年的死亡率50%~60%。尤其是連作也很難解決。
莖基腐病是由鐮刀狀真菌引起，該病菌好氧、怕陽光、潛伏期長。病菌在病殘體組織內外、土壤中存活越冬，成為翌年主要侵染源。氣溫在18°C以上，濕度合適時開始萌芽繁殖。以種苗、水流、風、機械和昆蟲傳播。病菌在近地面處有傷口（地下害蟲，人工農事操作，噴除草劑等可以引起的傷口）的莖基部侵入，該病在大量結果后出現癥狀。尤其是種植兩年后的植株發病最為嚴重。
該病危害百香果莖基部，皮層褐化腐爛，開裂，逐漸剝離木質部，致使植株枯萎死亡。病害發展迅速，植抹突然萎蔫或黃化枯死。若莖基都尚有部份皮層未病變腐爛，植株仍可生長，環境條件不利于病害發展時，植株生長可延續到下一個生長季節，基部腐爛集中在地表的莖基部，有的植株可向上發展到地上莖10～20cm 處，植株枯死，根系腐爛。
連作年限越長，土壤中積累病菌越多，發病重。一般沙質土壤瘠薄，排水條件差，植株生長弱而發病重。
正值洪澇頻發的夏季，強降雨后如果較長時間積水，土壤含氧量大大降低，影響根部生長和營養吸收，導致植株生長不良，并加速了莖基腐和根腐的進程。此時需先疏通排水渠，排積水。雨后扶正淹苗或重新補苗。對于發病植株使用潰腐靈原液涂抹莖基部位，或者高濃度噴發病部位，在土壤含水量下降后，使用青枯立克150-300倍+大蒜油1000-1500倍灌根。青枯立克、靚果安、潰腐靈屬中草藥制劑，通過灌根、噴霧、涂抹等方式，在樹體內傳導，不但殺滅作物體內潛藏的病菌，促進傷口愈合、修復傷口，恢復植物尤其是維管束的功能；還能直接補充多糖類、氨基酸類、多肽類等植物自身所需物質，參與代謝循環，增強樹勢。
莖基腐病等到上病治病，損失已經造成了，提前預防是關鍵。
（1）選用無病苗圃的不帶病菌的種苗；最好實行一年一種制，種前舊地要重新翻犁整地。
（2）起高墩種植，做好排水工作，防止果園積水，避免受雨水淹沒遭病菌侵蝕；
（3）冬季清園莖稈基部涂白防寒、防病，對棚以下莖稈涂刷潰腐靈原液，此外冬季落葉后至次年萌芽前用潰腐靈60-100倍液全園噴霧消滅病源；
（4）科學施肥，以生物有機肥為主，適當氮磷鉀和中微量元素。不可使用未漚熟的農家肥；平衡營養，及時葉面施肥，在定植后，伸蔓期，初花期和壯果期，及時噴施靚果安300-500倍補充高能量物質和中微量元素，營養樹體，促進果實表光，改善果實口感。
（5）加強田間管理。二年苗在氣溫穩定15℃后，扒開莖基部土壤晾曬，促使莖基表皮老化防病；使用潰腐靈原液涂抹，結合青枯立克150-300倍灌根。剪除病殘枝與茂密枝，采用籬形架、棚形架式搭架，增加園內的通風透光度，及時拔除發病嚴重的病株，并用生石灰進行土壤消毒。
溫馨提示：百香果果實在發育膨大期間出現干枯（皺皮）的現象，其實多是果柄出現了病害，有害物質堵塞維管束，令養分輸送不暢順，水分、養分難以滿足果實發育的需要。病癥較輕的果實，可以使用青枯立克灌根，靚果安噴霧的方式進行緩解，病重的果實建議除集中深埋。