1.招標不夠規范，為合同管理埋下了隱患
隨著“三制”改革的深入開展，機電工程建設市場已逐步規范，但由于施工合同的雙方在利益上存在矛盾，表現在合同上，如某些機電工程在招標過程中,利用僧多粥少的心理對承包人提出一些苛刻條件,迫使承包人壓級壓價,給承包人增加額外負擔，甚至直接壓低中標價格,使承包人受到一定的經濟損失。為順利承包到工程，且迫于自身生存和發展的壓力,大多數承包人面對不夠公正的合同條款也只能委曲求全。同時，有的承包人為提高中標率，搞聯合投標，甚至惡意串通，抬高中標價，造成不正當競爭，擾亂建設市場，造成施工力量強、管理水平高的承包人不能中標，項目不能順利實施，機電工程建設質量得不到保證，給施工合同管理帶來被動。
2.“陰陽合同”充斥市場。
“陰陽合同”是指發包人在有形建筑市場通過公開招標選擇承包人，并按照招標文件及中標通知書要求，與中標承包人簽訂施工合同，俗稱“陽合同”；在有形建筑市場以外，另行與承包人簽訂一份合同書或補充協議，該合同未經建設行政主管部門審查備案，但在實際施工活動中被雙方認可，即所謂的“陰合同”。各種“陰陽合同”盡管表現形式各異，但歸納起來“陰合同”主要在以下幾方面與“陽合同”存在明顯差異：發包人利用自己在建設工程發包中的主導地位，將自身的一些風險轉移到承包人身上。
3.機電工程承包人進場的機械設備短缺，或以次充好，以及在施工高峰時期將設備調到其它項目，造成施工進度滯后，施工質量低劣，給工程帶來不必要的損失。
對策及預防措施：在施工主要設備進場并提交檢測合格證書，經監理單位人員清點驗收后，且其估算價值已達到第二次工程預付款金額后，方支付第二次工程預付款。為防止承包人在施工高峰時期將設備調走，可在招標文件專用技術條款中規定，承包人未經業主或監理單位批準，擅自在施工高峰時期將設備調走，影響機電工程施工進度和質量，承包人需支付一定數量的違約金，違約金金額的定取要足以引起承包人的重視。也可采取緩支付工程價款的懲罰性方式，但執行起來容易引起合同爭端。
4.承包人文明施工、安全生產和環境保護投入不足。按合同規定，工程量清單中的單價和合價包括由承包人承擔的直接費、間接費、其它費用、稅金等全部費用和要獲得的利潤以及應由承包人承擔的義務、責任和風險所發生的一切費用，承包人理應保證文明施工、安全生產和環境保護資金的投入，以利于機電安裝工程設計進度和施工質量，保證良好的施工外部環境，維護和提升企業形象。但有的承包人目光短淺，舍不得“花小錢，辦大事”，結果因小失大，導致施工場面混亂，造成環境破壞和安全事故，損害項目法人和其他人的財產和利益，影響施工進度和施工質量，給工程形象帶來負面影響，損害企業自身形象。
可以說，機電工程企業合同管理是一個系統工程，需要各子系統、分系統共同配合。本文第一部分所提出來的問題，其中一個重要原因是部門之間的履約責任不明確、不溝通、不落實，造成失誤。合同管理比其他管理更需要信息溝通和處理。